La flore bactérienne d’un individu adulte peut comprendre jusqu’à 1014 – cent mille milliards – de cellules bactériennes. L’ensemble des bactéries non pathogènes est une entité vitale pour notre organisme, au point qu’on le considère parfois comme un organe à part entière. C’est le cas de la flore intestinale appelée microbiote intestinal.
Le microbiote intestinal peut contenir jusqu’à mille espèces de micro-organismes différentes – dont quatre cents espèces de bactéries – qui contribuent au bon fonctionnement du système digestif, permettent la synthèse de vitamines et améliorent l’immunité. Cette flore est spécifique de chaque individu ; on peut le démontrer en comparant la flore dans l’intestin de faux jumeaux, dizygotiques, où elle diffère, à celle de jumeaux vrais, monozygotiques, où elle est identique. Elle évolue au cours de la vie. Elle vit en harmonie mais cet équilibre n’est pas le même à tous les âges et peut être renversé suite au stress, au vieillissement, aux mauvaises habitudes alimentaires et à l’usage d’antibiotiques. Elle participe à la résistance contre la colonisation de l’intestin par des pathogènes. Elle contribue à la détoxification et elle stimule la motilité intestinale.
Parmi les microbes intestinaux, il y a occasionnellement des archéobactéries méthanogènes. Ces Archaea jouent un rôle écologique majeur dans des environnements anaérobies où ils suppriment les excès d’hydrogène et de produits issus de fermentation par d’autres formes de respiration anaérobie. Ces micro-organismes produisent du méthane, qui est un puissant gaz à effet de serre. Leur fréquence chez l’homme peut être diminuée par l’ingestion de lactobacilles. Diverses bactéries colonisent la panse des herbivores et y permettent la digestion de la cellulose par ces animaux. Il en est qui colonisent aussi le jabot du Hoazin, oiseau folivore. Ces bactéries permettent la digestion de la cellulose des feuilles, de la même manière que dans le rumen des ruminants. La flore microbienne fournit l’énergie à l’hôte sous forme d’acides gras volatils qui sont absorbés moyennant la présence de calcium. Les microbes du rumen des ruminants comprennent, en plus des bactéries, des protozoaires et des mycètes. Comme les protozoaires se nourrissent des bactéries, si celles-ci ne se portent pas bien, les protozoaires ne se portent pas bien non plus.
