Voyons, à présent, ce qui nous intéresse certainement le plus : les rapports qu’entretiennent les microbes avec nos organismes. Dans ce cas, les microbes ne sont ni toujours bons ni toujours mauvais. Il faut donc absolument faire la distinction entre les cas où un microbe est sans intérêt particulier, où il est utile et où il est non désirable…

La bactérie Escherichia coli, par exemple, a fait la une des médias, durant tout l’été 2011, avec les égards dus à un tueur en série que sa discrétion rendait particulièrement effrayant. On pouvait croire à une nouvelle venue. Or il n’en est rien puisque E. coli est un hôte normal de l’intestin depuis quelque… cent trente millions d’années ! Elle a colonisé l’intestin de l’homme depuis ses origines, s’est disséminée dans l’eau et a fini par occuper les fioles de laboratoires. On a identifié des milliers de sous-espèces – ou souches – dont, en fait, très peu sont dangereuses. Par exemple, la souche étiquetée O104 – marquant un polysaccharide de surface – : H4 – marquant une protéine flagellaire – a contaminé les graines de fenugrec d’origine égyptienne et distribuées en Allemagne, Suède et France et est responsable de diarrhées sanglantes et syndromes hémolytiques et urémiques ; la souche O157 : H7 a contaminé les steaks hachés dans la région de Lille ; O145 : H28, très rare, est responsable du décès d’une femme à Bordeaux…