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Il est venu bouleverser nos vies, par un beau matin de printemps… Aujourd’hui, les traces laissées par de longues semaines de confinement continuent à nous faire réfléchir, même si le modèle économique dominant fait l’impossible pour nous persuader que le “retour à la normale” est déjà là… Mais en quoi nos existences ont-elles changé ? Cet épisode que nous traversons est-il grave, en regard de ce que l’humanité a déjà connu ? Est-il inattendu ? Un spécialiste des microbes et des virus nous aide à y voir un peu plus clair…

Par Jean-Pierre Gratia

Introduction

Partout dans le monde, on s’active pour comprendre comment fonctionne ce nouveau virus et on écrit beaucoup à son sujet, probablement trop. Il y a de la part de plusieurs éditorialistes, commentateurs ou “apprentis experts” pas mal d’inexactitudes et de propos divergents peu rationnels. Je ne m’y étends pas ici, de même que je n’aborde pas les questions qui font polémique et qui n’ont d’ailleurs pas un appui inconditionnel des experts, comme l’immunisation collective, l’origine du virus ou le traitement à l’hydroxychloroquine (1).

Structure et mode d'action du virus

Un peu de science d’abord. Parmi les virus respiratoires, c’est le septième rétrovirus du type coronavirus identifié comme transmissible à l’homme. Parmi ces virus, il y en a trois qui sont à l’origine de maladies parfois mortelles :

– le syndrome respiratoire aigu (Sras), qui a fait des centaines de morts en 2002-2003,

– le syndrome respiratoire du Moyen-Orient (Mers), qui a sévi en Arabie Saoudite en 2014,

Covid-19, à l’origine de la pandémie actuelle, qui a déjà tué plusieurs centaines de milliers de personnes dans le monde.

Le génome du Covid-19 consiste en une molécule d’ARN à une seule chaîne de près de trente mille nucléotides et comprend quinze gènes. Il dériverait du génome du Sras-CoV qui fait environ la même taille, à une centaine de nucléotides près. Dans les deux cas, le gène le plus important code pour une longue protéine, qui est ensuite coupée pour libérer des protéines structurelles et enzymatiques du virus. Le deuxième gène important est celui qui code la protéine S pour les spicules, qui sont les protéines ancrées dans la coquille lipido-protéique entourant la particule de virus (Fig. 1a) et qui permettent l’entrée du virus dans les cellules cibles du tractus respiratoire et gastrique. Les deux virus possèdent la même protéine S – 99% d’identité – et utilisent donc la même “porte d’entrée” pour infecter les cellules, le récepteur cellulaire qui est une autre protéine – l’enzyme de conversion de l’angiotensine 2, ou ACE2 – qu’on retrouve à la surface de nombreuses cellules du corps humain (Fig. 1b). Mais, dans le cas de Covid-19, la force de cohésion de la protéine S au récepteur cellulaire est au moins dix fois supérieure à celle de la protéine S du Sras, ce qui rend le Covid-19 plus contagieux.

Infection, réponse à l'infection par le Covid-19 et prévention

La contagiosité du Covid-19 dépend de son taux de transmission (R0) qui désigne le nombre moyen de personnes saines qu’un malade peut contaminer. Quand R0 est inférieur à 1, la maladie ne se diffuse pas et n’atteint pas le stade de l’épidémie. Quand R0 est égal à 1, le nombre de contaminations reste stable, sans provoquer de pic épidémique, mais quand il est supérieur à 1, la maladie se propage de façon exponentielle et provoque une épidémie, voire une pandémie. Le R0 du Sras était compris entre 2 et 5, selon les stades de l’épidémie. Pour le Covid-19, il serait supérieur mais reste à préciser, au fur et à mesure de l’évolution du nombre de cas. Tous les deux se transmettent via des microgouttelettes expulsées lors de quintes de toux, d’éternuements ou de bavardages entre personnes rapprochées.

La charge virale d’un individu infecté, qui le rend contagieux, semble la même chez l’enfant que chez l’adulte, mais la réponse à l’infection n’est pas la même chez l’enfant infecté, où elle est non apparente, que chez l’adulte – surtout âgé – qui, très vulnérable, peut mourir. La distribution des cas sévères en fonction de l’âge est inhabituelle pour une pandémie. La grippe, surtout pendant la première vague d’une épidémie, entraîne presque toujours plus de décès chez les moins de soixante-cinq ans, surtout chez les jeunes enfants. La réponse résiderait dans la combinaison de deux effets : le vieillissement du système immunitaire et les particularités du Covid-19. Une autre question non résolue concerne le décès inattendu chez de rares enfants et, en revanche, la guérison d’une personne aussi âgée que notre compatriote Marie-Henriette qui a contracté la maladie… à cent six ans !

On ignore jusqu’à quand la pandémie va persister et sur quelle étendue dans le monde. Normalement, il devrait y avoir progressivement immunisation mais on ignore si elle sera suffisante et persistante. Pour certains virus, comme celui de la rubéole, de la rougeole ou de la variole, on procède à la vaccination qui protège, pendant à peu près toute la vie, mais ce n’est pas le cas d’autres virus dont le HIV du Sida – un autre rétrovirus. Pour que le vaccin soit efficace, il faut qu’il induise des anticorps neutralisants, c’est-à-dire des immunoglobulines qui bloquent l’antigène de surface de la particule virale. Quand cet antigène change, comme c’est le cas de la grippe saisonnière ou du Sida, l’immunité est nulle ou partielle. Le traitement par antiviraux n’est efficace que quand ils agissent synergiquement au niveau de différentes cibles pour bloquer les premières phases de l’infection et la réplication du génome. C’est pour cela qu’on recourt à la trithérapie pour les HIV- séropositifs.

Histoire des épidémies et pandémies

Des pandémies ont toujours existé et on doit s’attendre à ce qu’elles se répètent régulièrement avec un taux de mortalité élevé. Il y a d’importantes différences au niveau du nombre de morts selon ces maladies ; il serait vain de les comparer car elles ont eu lieu à des endroits et à des époques où l’assistance sanitaire était très inégale. On prétend, par exemple, que la pandémie à Covid-19 est moins importante que la grippe espagnole, en 1918. C’est possible puisque cette dernière a fait plusieurs millions de morts. Il faut toutefois noter qu’à cette époque l’assistance médicale était nettement insuffisante et que le Covid-19, à ce moment-là, aurait fait aussi de très nombreuses victimes.

Il y a eu probablement des pandémies avant notre ère, au temps des dinosaures ou peut-être de l’homme de Néandertal… La première pandémie connue, identifiée comme telle, est la Peste Antonine, qui eut lieu entre 165 et 180 de notre ère, appelée ainsi mais probablement due au virus de la variole. Après la Peste de Justinien, qui a fait plusieurs millions de morts en 541, est survenue une épidémie de variole, au Japon en 735. Le virus de la variole, de la famille des poxviridae à ADN bicaténaire, y a fait alors entre un et deux millions de morts mais en a fait cinquante fois plus, au Mexique en 1520.

Les XXe et XXIe siècles ont connu diverses grippes mortelles, à commencer par la fameuse grippe espagnole en 1918, qui est due au virus de l’influenza H1N1 – H1 pour hémagglutinine de type1 et N pour la neuraminidase-type 1, servant toutes deux à la fixation de la particule à la cellule à infecter. Après d’autres grippes – grippe asiatique en 1957, grippe de Hong-Kong en 1968, grippe porcine en 2009 – est venue l’épidémie Ebola, causant la fièvre hémorragique responsable de onze mille, morts essentiellement au centre de l’Afrique, de 2014 à 2016. Le virus, découvert par un médecin belge, Peter Piot de l’Institut tropical d’Anvers, présente un génome constitué d’ARN monocaténaire de polarité négative et d’environ dix-neuf mille bases, à l’intérieur d’une particule longue par concaténation de particules plus courtes. Cet ARN code sept protéines structurelles, l’ARN polymérase ARN-dépendante et des nucléoprotéines.

Les épidémies et pandémies concernent autant les microbes que les virus – ceux-ci se distinguant des premiers, seuls doués de vie. La peste bubonique au XIVe siècle était due à la bactérie Yersinia pestis, du nom de son découvreur Alexandre Yersin de l’Institut Pasteur de Hanoi, qui infectait les rats. Transmise à l’homme par des puces, elle a fait deux cents millions de morts. En janvier 1349, les habitants de Londres venaient d’être informés d’une dévastation ailleurs en Europe, à Florence notamment où 60 % de la population sont morts de la peste. Ils l’ont appelée la “mort noire” – Black Death – qui a finalement atteint les ports anglais accueillant les bateaux provenant du continent. La peste s’est alors étendue causant la mort de la moitié de la population londonienne, ainsi que celle de plus de 30 % de la population en Europe. Les symptômes étaient douloureux, dont la fièvre, des vomissements, des saignements, des pustules sur la peau et des nodules lymphatiques, d’où son nom de peste bubonique. La mort survenait en trois jours. Au XVIIe et XVIIIe siècles, les grandes pestes ont régulièrement ravagé l’Europe.

Parmi les autres épidémies d’origine microbienne, le choléra est dû à la bactérie Vibrio cholerae. Strictement limitée à l’espèce humaine, elle est caractérisée par des diarrhées brutales et très abondantes – gastro-entérite – menant à une sévère déshydratation. En l’absence de thérapie par réhydratation orale, la forme majeure classique peut causer la mort, dans plus de la moitié des cas, en l’espace de trois jours dès les premières heures. La contamination est d’origine fécale, par la consommation de boissons ou d’aliments souillés. Limitées initialement à l’Asie – Inde, Chine et Indonésie -, les épidémies de choléra se développent, au XIXe siècle, en véritables pandémies qui atteignent le Moyen-Orient, l’Europe et les Amériques. La puissance du choléra est démultipliée par le passage de la marine à voile à la vapeur, et par l’arrivée du chemin de fer. La France fut touchée par une épidémie au printemps 1832, après la Russie en 1828, la Pologne, l’Allemagne et la Hongrie en 1831, Londres début 1832. Puis l’épidémie revient en France, en 1854, et y fait cent quarante-trois mille morts…

Chronologie des épidémies connues, avant celles dues aux coronavirus (2)

Année(s)

Nom

Agent pathogène

Zone géographique

Nombre de victimes

 

165-180

Peste Antonine Peste

Virus de la variole

Empire romain

5 millions

 

541-542

Peste de Justinien

Yersinia pestis

Europe et Bassin méditerranéen

30 à 50 millions

 

735-737

Epidémie de variole

Virus de la variole

Japon

 

1 million

1347-1351

Peste noire

Yersinia pestis

Europe

25 millions

 

1520

Epidémie de variole

Virus de variole

Europe

56 millions

 

XVIIe siècle

Grande Peste

Yersinia pestis

Europe

3 millions

 

XVIIIe siècle

Epidémie de variole

Virus de variole

Amérique du Nord

90 % des Amérindiens

 

1817-1923

Pandémies de choléra

Vibrio cholerae

Monde

1 million

 

1855-1920

Pandémies de peste

Yersinia pestis Monde

12 millions

 

 

1889-1890

Grippe russe

Virus influenza H3N3

Monde

1 million

 

Fin XIXe siècle

Fièvre jaune

Flavivirus

Monde

moins de 100.000

 

1918-19

Grippe espagnole

Virus influenza H1N1

Monde

40 à 50 millions

 

1957-58

Grippe asiatique

Virus H2N2

Monde

1,1 million

 

1968-70

Grippe de Hong-Kong

Virus H3N2

Asie

1 million

 

1981-?

Sida

Rétrovirus HIV

Monde

35 millions

 

2009-10

Grippe porcine

Virus H1N1

Monde

moins de 200.000

 

2014-16

Ebola

Virus Ebola

Afrique centrale

moins de 11.000

 

Les interactions homme - animal

Il semblerait que le premier foyer de peste bovine signalé en Afrique de l’Est, en 1887, ait décimé 90 % du cheptel bovin et provoqué une famine généralisée. Les récentes épidémies de fièvre de West Nile et d’influenza aviaire et la hausse de la rage en Europe de l’Est et en Asie attestent de la vitalité des maladies émergentes dans le monde. Elles présentent une menace croissante pour la santé publique et, à peu près chaque année, une nouvelle maladie d’origine animale apparaît et présente un risque pour la population mondiale. Les souches de virus de la grippe apparaissent souvent par l’interaction de populations humaines, porcines et aviaires. C’est ainsi que le XXe siècle a été témoin de trois pandémies de grippe d’origine animale probable :

– la grippe espagnole, en 1918, dont le virus aurait dérivé d’une souche provenant d’une espèce animale, notamment aviaire, réservoir naturel de bon nombre de virus,

– la grippe porcine, en 1957,

– la grippe aviaire, en 1968.

Selon plusieurs équipes de chercheurs, certaines chauves-souris auraient été des réservoirs naturels du virus Ebola. La dernière épidémie survenue, en 2007 en République démocratique du Congo, a suggéré que le virus pouvait passer directement du chiroptère à l’Homme. Suite aux nombreuses épidémies de peste et de typhus qui ont perduré jusqu’au milieu des années cinquante, on a trouvé des anticorps dans le sang des animaux domestiques, d’où la conclusion d’une possible transmission de l’agent pathogène dans les deux sens.

Propagation et impact socio-économique des épidémies

Parmi les facteurs de propagation des épidémies, la circulation continue de personnes est évidemment importante. L’avion est donc aujourd’hui un facteur clé au niveau mondial car les lignes sur lesquelles il y a de gros flux de passagers créent des chemins préférentiels pour l’agent pathogène. Il est possible que si la Chine avait fermé ses aéroports très tôt, en novembre 2019, le Covid-19 n’aurait pas déclenché de pandémie. Corrélativement, chez les animaux, les épidémies sont notamment portées par les animaux migrateurs.

Aussi loin qu’on remonte dans le temps, les épidémies peuvent décider de l’issue d’une bataille. Qu’on pense à la guerre d’Éthiopie où l’on doit remercier le bacille de la typhoïde. Pendant la retraite de Russie de Napoléon, on a dénombré davantage de soldats français morts du typhus – maladie due à une bactérie du groupe des Rickettsies – que tués par l’armée russe. La peste, l’anthrax – ou charbon -, la dysenterie, le typhus, la typhoïde, le choléra, la gangrène gazeuse, le botulisme furent parmi les maladies étudiées comme vecteurs possibles de propagation d’épidémies, et aussi comme base de l’arme bactériologique. En Asie, le riz permettait d’attirer les rongeurs qui, une fois piqués par les puces, devenaient à leur tour porteurs de Y. pestis, découvert durant une épidémie de peste à Hong Kong. Cette épidémie a donné l’occasion au Japonais Shiro Ishii d’inoculer ce bacille à plusieurs prisonniers servant de cobayes, dès 1933, puis lors de la guerre contre les Etats-Unis où des prisonniers furent employés.

Les épidémies ont un impact socio-économique évident. La première constatation réside dans l’inégalité sociale dans la mort qu’elles causent (3). Ainsi le Covid-19 a-t-il fait beaucoup plus de victimes chez dans la population noire que dans la population blanche, à Washington notamment. Lors de la peste à Londres, en 1349, les autorités construisirent un très grand cimetière appelé Smithfields pour enterrer le plus grand nombre de victimes possible, ce qui aux yeux des croyants permettrait à Dieu “de reconnaître les siens”, au jour du Jugement Dernier. Bien que le chroniqueur de l’époque ait écrit que les riches autant que les pauvres n’ont pas été épargnés, les recherches archéologiques, dans ces cimetières, ont révélé des inégalités sociales et économiques. La peste est revenue en Angleterre au XVIIe siècle, et là encore, se sont produits des affrontements socio-politiques.

Au XVIe siècle, en Amérique du Nord, la variole a affecté les communautés Cherokee, tuant 30% des personnes infectées. Les conditions sociales en cette période coloniale ont amplifié l’impact des facteurs biologiques. Plus tard au XVIIIe siècle, une épidémie de variole a encore eu lieu au Sud-Ouest des Etats-Unis. Elle a coïncidé avec les attaques contre les communautés Cherokee, où les britanniques ont brulé les fermes et forcé les habitants à fuir leur maison, causant la famine et l’expansion de la variole.

Quelles seront les conséquences politiques, sociales et économiques de la pandémie Covid-19 ? Interrogeons encore l’histoire, surtout au cours de cette Anthropocène (4). Les pandémies sont les inévitables compagnons de l’expansion économique. Sous l’Antiquité, des réseaux commerciaux interconnectés et des villes très peuplées avaient déjà rendu les cités plus riches mais aussi plus vulnérables, tout comme notre économie mondiale intégrée. Les effets du Covid-19 seront cependant très différents de ceux des virus du passé qui frappaient des populations bien plus pauvres et dotées de moins de connaissances sur les virus et les bactéries. Le nombre de victimes devrait être bien moindre que celui de la peste noire ou de la grippe espagnole mais, toutes proportions gardées, les catastrophes sanitaires d’antan peuvent donner des indications sur les changements que risque de connaître l’économie mondiale face au coronavirus.

Le coût humain des pandémies est terrible mais les effets à long terme sur l’économie ne le sont pas toujours. La peste noire a fait un nombre de victimes stupéfiant – entre un et deux tiers de la population de l’Europe d’alors ! – et elle a naturellement laissé des cicatrices durables. Cependant, au sortir de cette peste, les terres arables vacantes sont soudain devenues abondantes. Ce qui, ajouté à la pénurie brutale de main-d’œuvre, a renforcé le pouvoir de négociation des paysans face aux propriétaires terriens et a contribué à l’effondrement de l’économie féodale.

Vers une nouvelle Anthropocène

Le confinement nous a contraints à limiter notre genre de vie, devenu excessif dans certains cas, par exemple, au niveau voyages en avion avec à la clé des week-ends passés dans un aéroport inconfortable, attractions diverses, restaurants rassemblant un grand nombre de personnes dans des espaces restreints. Certes, cet épisode de confinement a été pénible pour les commerçants, les industriels, les viticulteurs, les chauffeurs de taxis, les professionnels de la culture, les artistes, les organisateurs des expositions, les étudiants, etc. Ainsi que pour tous ceux qui durent soigner les malades, évidemment…

Par contre, pour le consommateur pas trop exigent, cela a parfois été une expérience plutôt bénéfique, sur le plan économique comme sur le plan culturel. Il a fallu réinventer des loisirs at home avec la lecture et, à cette occasion, les enfants ont fait preuve de créativité, ce qui est manifestement positif. Le silence et le calme ont réapparu, l’air est redevenu normalement respirable et la production de gaz à effet de serre a été réduite de 7%, se rapprochant ainsi de la norme prévue par les Accords de Paris.

Quand tout redeviendra possible, il serait bon d’en tirer la leçon et de limiter les voyages en avion pour satisfaire les jeunes qui, dans les manifestations, arboraient des pancartes où on pouvait lire : “Moins de kérozène, plus de chaleur humaine“, réduire les déplacements qui ne sont pas indispensables et acheter localement. Il est souhaitable que des hommes politiques responsables fassent peser de tout leur poids des arguments en faveur d’une nouvelle Anthropocène où l’économie rejoint l’écologie…

Notes :

Le Covid-19 chez les malades hospitalisés, et augmentent même le risque de décès et d’arythmie cardiaque. The Lancet a cependant annoncé, le 4 juin, le retrait de cette étude, publiée le 22 mai. Elle avait été suivie, en France, d’une abrogation de la dérogation permettant l’utilisation de cette molécule contre le Covid-19 et la suspension d’essais cliniques destinés à tester son efficacité.

(2) D’après L’histoire des pandémies, dans Courrier International 1537 (16 avril 2020), 34-35.

(3) Blow Ch. (2020), Les Noirs en première ligne. Courrier International 1537 (16 avril 2020), 24; Wade L. (2020), An unequal blow. Science Weekly News, May15, pp. 700-703. DOI: 10.1126/science.368.6492.700

(4) Terme introduit par Paul Josef Crutzen pour désigner la période géologique qui a suivi la Révolution industrielle.